本来健康診断というのは、個人が各自で費用を支払って受診するものと考えるものでしょうが、会社ないし個人事業における従業員において一律に支給されるものであれば会社や個人事業の福利厚生費としての経費になります。
注意しておかなければいけないのは、「一律に」支給されることとなっている点です。特定の従業員だけが支給の対象となっている場合はそもそも福利厚生費と言えずその支給された従業員にとっての給与として課税されてしまいます。
福利厚生費とはそもそも従業員一律に支給される費用であり、例えば経営者が従業員の福利厚生としては負担しないが自らの健康診断費用などを費用としようとするときなど自己都合の費用とはならないということです。一定条件下で夜食代などを従業員に支給するような場合が福利厚生費の典型例ですが、これもみな従業員一律支給ということになっていないと福利厚生費とはならないのです。ただし、一定以上の年齢に限るなどの制限は許容されます。
また、個人事業と会社では違いがありますので注意が必要です。個人事業の場合、事業主は従業員ではないので、健康診断費用を一律に支給していたとしても自分自身の健康診断費用は必要経費になりません。
他方で、会社の場合の経営者は役員という地位がありますが、会社の従業員であるので、経営者自身の健康診断費用は会社の経費として損金に算入されます。
個人事業の方は注意が必要です。